樣品處理方法：

　　真核轉錄組(有參/無(wú)參)分析常見(jiàn)問(wèn)題：

　　1、能否通過(guò)轉錄組研究找到我想要的基因，以及它在不同樣本之間的表達差異?

　　可以，但前提是樣本物種中的確存在該基因。對轉錄組數據進(jìn)行樣本間差異分析可以得到基因的表達量差異，以及差異是否顯著(zhù)。有參轉錄能夠直接通過(guò)結果文件找到目的基因的名稱(chēng)及相關(guān)信息，無(wú)參轉錄則需要通過(guò)BlastX進(jìn)行比對尋找。

　　2、能否通過(guò)轉錄組研究找到針對某一特定功能的基因，以及分析它的表達情況?

　　可以。轉錄組分析通過(guò)GO數據庫比對，能夠得到與GO數據庫中不同功能相關(guān)的基因信息，以及其在實(shí)驗組中的上、下調情況

　　3、可變剪切都有些什么剪切，通過(guò)轉錄組分析我能得到什么?

　　可變剪切共分為5種：SE(外顯子跳躍)、RI(內含子滯留)、MXE(外顯子互斥)、A5SS(5‘端外顯子可變剪切)以及A3SS(3’端外顯子可變剪切)?？勺兗羟惺钦{節基因表達和產(chǎn)生蛋白質(zhì)組多樣性的重要機制，同時(shí)也是轉錄組研究的一個(gè)重要內容。轉錄組分析能夠分析出某一特定可變剪切所處的基因名稱(chēng)，染色體位置，在不同樣本之間的表達量差異以及差異顯著(zhù)性等

　　4、SNP、Indel主要指什么?

　　SNP和Indel分別指單核苷酸多態(tài)性(單堿基變異)和核苷酸插入缺失(多堿基插入/缺失)，表明了實(shí)驗組在經(jīng)過(guò)處理后的基因變異情況。通過(guò)轉錄組研究能夠得到不同基因不同位點(diǎn)上發(fā)生的變異和影響情況，對腫瘤等研究具有重要意義。

　　結果展示：

　　圖一：差異基因篩選?；鹕綀D能夠直觀(guān)的展示具有顯著(zhù)性差異表達的基因數目

　　圖二：數據質(zhì)控。測序得到的原始測序序列(Sequenced Reads)或者raw reads，里面含有帶接頭的、低質(zhì)量的reads，為了保證信息分析質(zhì)量，必須對raw reads過(guò)濾，得到clean reads，后續分析都基于clean reads。在測序過(guò)程中會(huì )存在一定的錯誤率，測序錯誤率分布檢查可以反映測序數據的質(zhì)量。

　　16S/18S/ITS擴增子測序常見(jiàn)問(wèn)題：

　　1、擴增子與宏基因組的差別?

　　擴增子主要分為16S、18S、ITS測序，關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成，該技術(shù)物美價(jià)廉，實(shí)用性高。宏基因組關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息，該技術(shù)深入挖掘環(huán)境樣本功能層面的信息。

　　2、樣本送到公司，什么時(shí)候可以拿到結果?

　　自樣本檢測合格之后開(kāi)始計算周期，包括建庫、測序、數據分析、結題。擴增子周期一個(gè)月左右。

　　3、擴增子測序主要能夠得到的結果有哪些?

　　擴增子測序主要是能夠不通過(guò)分離篩選，直接提取環(huán)境中的總DNA進(jìn)行測序，得到某一生態(tài)環(huán)境或處理中微生物群落的物種分布、α多樣性(樣本內)以及β多樣性(樣本間);同時(shí)，當樣本來(lái)自于環(huán)境如土壤、水樣等，還可以分析環(huán)境因子與該樣本內物種之間的關(guān)聯(lián)性。

　　結果展示：

　　圖三。物種進(jìn)化樹(shù)。能夠得到屬水平前100屬的代表序列間的遠近關(guān)系及在不同樣本間的豐度信息。

　　圖四：PCA主成分分析。能夠最大程度反映樣本間差異。如果樣本的群落組成越相似，則它們在PCA圖中的距離越接近。